L'art.25 del DPR 633/72 dispone che "l contribuente deve numerare in ordine progressivo le fatture e le bollette doganali relative ai beni e ai servizi acquistati o importati ...omissis... e deve annotarle in apposito registro anteriormente alla liquidazione periodica, ovvero alla dichiarazione annuale, nella quale e' esercitato il diritto alla detrazione della relativa imposta."
Le fatture, elettroniche e cartacee, hanno regole comuni, e pertanto il progressivo in entrata deve essere unico. Per quanto riguarda i fondi utilizzati per il pagamento delle FE ritengo (sulla base delle indicazioni contenute nella domanda) che debba essere verificato all'interno della PA, non rilevando ai fini della corretta rilevazione ai fini Iva della FE.