Il problema mi sembra estremamente interessante ed evidenzia le complicazioni create dagli ambienti ibridi: in questo caso la convivenza tra fatture cartacee e fatture elettroniche.
Pur non essendo particolarmente titolato in quanto non esperto in materia fiscale provo ad esprimere alcune considerazioni.
Rimando alle numerose altre discussioni per la valutazione sulla necessità, o opportunità, di numerare separatamente le fatture elettroniche e quelle cartacee: mi sembra di capire che si stia operando con sezionali differenti.
Se la nota di credito è cartacea e non viene convertita in digitale deve essere conservata in modalità cartacea e quindi seguire tale numerazione.
D'altra parte a mio avviso essendo riferita ad una fattura elettronica mi sembrerebbe più corretto che fosse conservata elettronicamente; ma buona parte dei sistemi di fatturazione elettronica e conservazione in outsourcing gestiscono solo le fatture e note di credito in formato fatturaPA.
Una possibile soluzione, da valutare attentamente a mio parere, è quella di emettere una nota di credito in formato fatturaPA (non interna) e trasmetterla al SdI: verrà rifiutata anch'essa dalla PA ma lei avrà risolto in maniera sicura - e a mio avviso ordinata - il problema della numerazione e della conservazione.