il comma 210 dell'art.1 della Legge 244/2007 (finanziaria 2008) prevede: "A decorrere dal termine di tre mesi dalla data di entrata in vigore del regolamento di cui al comma 213, le amministrazioni e gli enti di cui al comma 209 non possono accettare le fatture emesse o trasmesse in forma cartacea né possono procedere ad alcun pagamento, nemmeno parziale, sino all'invio in forma elettronica"
Per regolamentare i casi di emissione di fatture cartacee datate antecedentemente all'entrata in vigore dell'obbligo (6 giugno 2014 o 31 marzo 2015, a seconda della PA destinataria) il MEF ha emesso la Circolare n.1/DF del 31/03/2014 dove ha chiarito (paragrafo n.4) che possono comunque essere pagate fatture cartacee oltre il termine di 90 gg (comma 209 predetta legge) dal 6 giugno 2014 o 31 marzo 2015 spiegandone anche la ratio (
http://www.funzionepubblica.gov.it/articolo/ministro/01-04-2014/circolare-n-1-del-31-marzo-2014-sulla-fatturazione-elettronica-PA ).
Nel caso di specie le cose si complicano col fatto che il contribuente ha chiuso la partita IVA ma in ogni caso non ci sarebbero condizioni legali per emettere una nota credito stante la correttezza della fattura originaria.
Occorre sicuramente addivenire ad un accordo con la PA tenendo conto del fatto che, anche se tardivamente, il professionista potrebbe oggi emettere la medesima fattura in formato elettronico avendo ottemperato a tutti gli obblighi in materia di IVA a suo tempo.
Questa non puo' esssere una risposta completa ma potrà meglio indirizzare le parti per una definizione del contraddittorio.