Personalmente non mi preoccuperei. Il capo <ImportoTotaleDocumento> non è obbligatorio ma solo consigliato. I sistemi di contabilità delle PA solitamente ricalcolano l'importo totale dai singoli importi e per questo motivo, probabilmente, il comune non si è nemmeno accorto dell'incongruenza. Altre PA invece rifiutano il documento ma si potrebbe discutere sulla correttezza di tale comportamento.
Le suggerisco di registrare correttamente nella contabilità la sua fattura, cosa che immagino abbia già fatto e non pensarci più. Non penso proprio che l'Agenzia delle entrate in caso di controlli abbia qualcosa da obiettare: quel valore non incide sulla correttezza sostanziale dell'operazione.