Non sono un esperto di contabilità ma non mi risulta che in una nota di credito gli importi non possano essere negativi.
Ho visto al contrario numerose note di credito in cui gli importi sono negativi. Le posso dire per certo che l'introduzione della fattura elettronica non ha cambiato alcunché in merito.
Mi sembra pericolosa poi una modifica al software: temo che rischierebbe una contestazione opposta da parte di qualche altro destinatario..... Veda ad esempio la domanda
http://rispondipa.it/1197/nota-di-credito-positiva
Chiederei piuttosto al comune di spiegare perché quegli importi non possano essere negativi.....